Sivilombudsmannen har fått innspill fra Kommunal- og regionaldepartementet som mener kommunen eller en særskilt oppnevnt interkommunal klagenemnd er rett klageinstans for vedtak som er truffet av daglig leder i et interkommunalt selskap. KRD mener kommunen eller en særskilt opprettet interkommunal klagenemnd må behandle klager på vedtak fattet av et IKS, og ikke styret eller representantskapet for selskapet. I sitt brev av 18.01.2013 til Sivilombudsmannen skriver departementet:
«Slik KRD ser det, er det neppe rettslig grunnlag for at styret i et IKS er klageorgan for enkeltvedtak fattet av daglig leder i selskapet. Styret er, til tross for overordningsforholdet internt i selskapet, nært knyttet til selskapets daglige leder. Styret har også andre oppgaver enn klagebehandling. Etter KRDs syn bør heller ikke selskapets representantskap benyttes som klageorgan.»
«Oppsummert er det KRDs syn at det bør opprettes særskilte interkommunale klagenemnder for å behandle klager over enkeltvedtak truffet av et IKS. Alternativt må klagesaker behandles av kommunestyret, formannskapet eller en særskilt klagenemnd i den kommunen som måtte ha fattet vedtaket dersom brannvesenet ikke hadde vært organisert gjennom et interkommunalt samarbeid.»