Kan gebyr være organisert under en mva pliktig enhet så lenge kostnadene og inntektene kan dokumenteres med eget område i regnskapet eller må denne virksomheten føres under eget regime hvor man ikke fører mva-regnskap, ikke tillegger mva på gebyrene, og eventuelt søker momskompensasjon? Kan man eventuelt si at disse gebyrene ikke er mva-pliktig (men da blir det vel feil i mva-regnskapet?)
Lov om merverdiavgift § 3-9 (1) sier følgende:
«Omsetning av tjenester som ledd i offentlig myndighetsutøvelse er unntatt fra loven.»
Gebyrfinansiert myndighetsutøvelse må følgelig holdes adskilt fra gebyrfinansiert tjenesteproduksjon. Kontroll og utslippstillatelse vil være myndighetsutøvelse, og er derfor unntatt fra merverdiavgift.
Tømming av slam fra slamavskillere er en gebyrfinansiert tjeneste med et mva-pliktig gebyr tilsvarene som kommunene vann- og avløpsgebyr. Tjenesten skal produseres iht. selvkostprinsippet, der utgifter og inntekter må føres i et selvkostregnskap.
Gebyrer som kreves inn for kontroller og saksbehandling knyttet utslippstillatelser, der kommunen er forurensingsmyndighet må holdes adskilt fra tjenesteproduksjonen og det må føres separat selvkostregnskap.
En mva-registert virksomhet kan også utføre mva-frie oppdrag
Selv om den enheten i kommunen som utfører tjenestene og/eller utfører myndighetsoppgaver er registrert i mva-reg. kan virksomheten likevel utføre oppgaver som ligger utenfor avgiftsområdet.
Regnskapsmessig må inntekter og utgifter relatert til den avgiftsfrie aktiviteten vurderes, da det heller ikke kan kreves fradrag for inngående mva for denne delen.
KRD holder for tiden på å revidere retningslinjene for selvkost. Norsk Vann har i forbindelse med dette spilt inn behovet for å gi klare retningslinjer for praktisering av selvkostprinsippet for gebyrfinansierte myndighetsoppgaver. Dette omtales ikke i gjeldende retningslinjer. Det antas at forslaget til nye retningslinjer kommer på høring sommeren 2012.